1535 wurde erstmals eine Kapelle erwähnt, die bis 1819 zu Wilflingen gehörte.

Erst 1893 wurde Billafingen selbständig, nachdem man von 1819 bis 1893 zu Emerfeld gehört hatte.

Die jetzige St.-Nikolaus-Kirche ersetzt den mittelalterlichen Vorgängerbau, dessen Rest im Schaft des Westturms zu finden ist. 1939 wurde die Sakristei neu erbaut. Die Figuren des Namenpatrons St. Nikolaus und der Heiligen Barbara stammen aus dem 15. Jahrhundert.

Die letzte Sanierung der Kirche begann im Jahr 2004 mit der Erneuerung des Glockenstuhls, 2005 folgte die Sanierung des Daches und der Abschluss erfolgte im Jahr 2007 mit der Altarweihe.

2014 wurde die Sakristei umfangreich renoviert.