Im Jahr 1493 stiftete die Schenkin Barbara von Stauffenberg eine ewige Frühmesse für den Altar in der Frauenkapelle oberhalb des Dorfes Wilflingen. Bischof Thomas von Konstanz bestätigte die Stiftung im selben Jahr. 1517 war Ulrich Kramer Kaplan in der Kapelle und des Altars Unserer Lieben Frau. Bei ihr handelte es sich wohl um die auf dem heutigen Gottesacker befindliche Kapelle.

Im Jahre 1974 begann die Planung zum Umbau der Kapelle. Die Empore wurde entfernt ebenso die Bänke im Kapellenschiff. Mit der politischen Gemeinde wurde 1977 ein Vertrag über die Unterhaltung der Kapelle geschlossen. Diese dient seither auch als Leichenhalle. Gleichzeitig wurde auch der Friedhof erweitert.

In der Kapelle ist der Hochaltar erhalten. Gottesdienste finden in der Kapelle nicht mehr statt.

Am Montag in der Bittwoche findet jedoch jedes Jahr eine Andacht nach der Bittprozession unter Beteiligung des Kindergartens statt.

Nach den Akten dürfte das Pfarrhaus im Jahr 1717 erbaut worden sein.

Im Jahr 1716 hatte der Freiherr von Stauffenberg in Wilflingen an Bischof Johann Franz von Stauffenberg geschrieben, dass ihm bekannt sein müsse, in welch miserablem Zustand der Pfarrhof sei. Diejenigen, die den Genuss des Zehnten hätten, sollten zu einem Neubau beitragen. Der Voranschlag belief sich auf 2065 Gulden und 13 Kreuzer. Zwar ist der Baumeister nicht überliefert, doch kann mit ziemlicher Sicherheit der fürstbischöfliche Architekt Christoph Gessinger angenommen werden, der etwa gleichzeitig das Wilflinger Schloss völlig umbaute und auch später die neue Pfarrkirche errichtete.

Das Pfarrhaus steht innerhalb der Kirchhofmauer und ist nur wenige Meter von der Kirche entfernt.

Es ist ein sehr massives Gebäude mit einem schönen vorgebauten Treppenhaus.

Das Pfarrhaus war bis ins Jahr 2012 von Pfarrer Roland Niebel bewohnt. Er war auch der letzte Pfarrer, der in Wilflingen wohnte. Herr Pfarrer Niebel war auch für die Gemeinden Egelfingen und Emerfeld zuständig. Seither werden wir von den beiden Pfarrern der Seelsorgeeinheit Langenenslingen Herr Pfarrer Sanke und Herr Pfarrer Speck versorgt.

Der letzte Umbau des Pfarrhauses war im Jahr 2013. Dabei wurde das obere Stockwerk als Wohnung eingerichtet. Hier wohnt seither eine Pastoralreferentin, die in der Seelsorgeeinheit angestellt ist. Im Erdgeschoss befindet sich das ehemalige Pfarrbüro, eine Küche und zwei Gemeinderäume welche für Sitzungen sowie für Kommunionunterricht und dergleichen genutzt werden.

m Pfarrgarten hinter dem Pfarrhaus steht die 1822 erbaute Pfarrscheune.

Ihre ursprüngliche Bedeutung zur Unterbringung des Futters für das Vieh des Pfarrers sowie die Zehntfrüchte hat die Scheune längst verloren.

Sie wird nur noch als Garage und zur Unterbringung von Gerätschaften der Kirchengemeinde und der örtlichen Vereine genutzt.

Inzwischen wurde der Pfarrgarten durch sein wirksames Ambiente als idealer Platz für Stehempfänge nach Trauungen entdeckt. Ebenso begehrt von der örtlichen Bevölkerung ist auch der Weihnachtsmarkt, welcher von der KLJB organisiert wird und ebenfalls im Pfarrgarten und in der Pfarrscheune stattfindet.

St. Lupus-Turm

Ein besonderes Wahrzeichen von Wilflingen ist der einsam in einem Garten und auf einer Anhöhe stehende Turm St. Lupus. Er erinnert an die 1275 erstmals genannte, bis 1560 dem Konstanzer Domkapitel einverleibte und 1675 aufgegebene Obere Pfarrkirche St. Lupus.

Der Viereckturm aus Findlingen und Bruchsteinen besitzt zuunterst eine wohl frühgotische Spitzbogentür (um 1270) und im Obergeschoß unterschiedliche Schallfenster aus der Spätgotik (um 1450). Nach 1615, als die Herrschaftsinhaber Ober- und Unterwilflingen kirchlich vereint hatten und für beide Dorfteile der Schlossgeistliche zuständig geworden war, brach man die alte Pfarrkirche St. Lupus ab und ließ nur den Turm stehen.

Durch den Turm hatte Wilflingen von 1890 bis 1917 zwei komplette Geläute. Nach der Beschlagnahmung der Glocken im Jahr 1917 wurden die Glocken vom Lupus-Turm in die Pfarrkirche St. Nepomuk geholt. Seither hat der Turm nicht nur keine Kirche sondern auch keine Glocken mehr.

Auf der Ostseite ist auch heute noch der Verlauf des ehemaligen an den Turm angebauten Kirchenschiffes deutlich zu erkennen.

Im Jahr 2014 baute ein Storchenpaar ohne Hilfe und ohne eine Unterlage auf das spitze Dach ein Nest und konnte auch einen jungen Storch ausbrüten.

Auch jetzt im März 2016 hat wieder ein Storchenpaar das Nest auf dem Turm bezogen.